2011年12月召开的中央经济工作会议提出：加快经济结构调整，促进经济自主协调发展。高新技术企业作为这项国家战略的重要承载者，必将得到更大力度的支持。目前，在税收扶持方面，国家已经制定实施了大量优惠政策，如降低税率、加计扣除研发费用等。随着高新技术企业迅速发展，经济行为日益复杂，税务机关的管理任务日趋加重。

    当前高新技术企业所得税管理中存在的问题

    缺乏有效的高新技术企业认定初审联合机制。以山东省为例，根据《山东省高新技术企业认定管理工作实施意见》规定，企业通过高新技术企业认定管理工作网申请高新技术企业资格，由科技、财政、税务主管部门组成的高新技术企业认定管理工作领导小组负责受理。然而，对企业是否拥有自主知识产权、产品是否属于国家重点支持的高新技术领域等专业性很强的问题，税务机关缺乏审核和认定能力。在高新技术企业的认定、项目申报、税收、研发评价方面缺乏清晰的标准尺度，初审缺乏部门合力，程序易流于形式。

    研发费用归集不准确。目前，《高新技术企业认定管理工作指引》设定的研发费用核算范围与会计制度不接轨，导致企业的会计处理具有较大的随意性。

    专利所有权认定不明晰。部分高新技术企业的技术仅在某一方面略有提升便被认定为新技术，授予专利权证书，对企业提升产品质量并无明显作用，却享受高新技术企业优惠。

    科技人员与研发人员比例不足。根据《高新技术企业认定管理办法》规定，具有大学专科以上学历的科技人员必须占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%。实际上，部分企业存在科技人员比例不足的问题。为达到认定办法规定的比例，有的企业将车间部分工人列入研发人员。同时，部分与科研单位、高校联姻的高新技术企业，研发人员既是高校职工，又是企业股东，具有双重身份，企业用工制度的混乱给确定科研人员比例增加了难度。

    关联企业存在利用研发费用避税问题。一是委托开发或购进先进技术，即关联企业一方委托另一方进行研发，或从关联企业一方购进先进技术等。在这种情况下，按照《中华人民共和国企业所得税法》和相关政策，委托方和购买方可以享受加计扣除优惠，受托方和卖方可以享受技术转让所得免税等优惠。二是合作开发，即关联企业在集团层面进行某项技术的联合研发，进而共同享受该项技术带来的效益，达到收入和利润转移的避税目的。

    参与鉴定工作的中介机构存在违规操作行为，提供存在严重虚假成分的鉴定报告。

    高新技术企业认定后续管理缺少有效的机制。一些企业财务核算不健全，税务机关无法判定研发费用占销售收入总额的比例等是否符合高新技术企业认定条件。

    加强高新技术企业所得税管理的对策

    加大宣传和培训力度。通过多种形式的政策宣传，使企业全面了解《高新技术企业认定管理办法》，并熟练掌握企业所得税优惠政策。加强相关部门和企业的教育培训，进一步加强各部门在高新技术企业管理工作中的协调配合。

    进一步健全高新技术企业认定审核机制。应建立健全科技、税务、财政部门联合审核机制，从程序、时间、内容、分工等各方面制定详细完备且可操作性强的认定前审核方案，根据企业申报的材料，按照对口业务分解到各个部门，通过会计账簿、财务报表等资料核算相关数据，检验高新技术（服务）产品收入、科技人员比例、研发费用归集是否符合认定办法要求等。

    督促企业加强研发项目制度化建设。在机构管理方面，建议企业在已有的研发组织基础上建立完善的研发中心，对企业研发活动统一管理。在人员管理方面，建议企业对科技、研发人员进行单独汇总管理，准确统计他们参与的研发项目和工作时间。在财务管理方面，应健全账簿，实现独立核算。

    加强高新技术企业优惠政策落实的后续管理。建立高新技术企业台账，内容包括实际发生的研发费用、企业职工总数、科技和研发人员数量及所占比例、应纳税额以及减免税额等。建立高新技术企业关联企业和关联业务往来台账，对关联业务往来价格、费用标准等实行备案管理。

    加强中介机构的监督管理。对中介机构与企业共同弄虚作假、违规操作的，查实后，建议取消其认定工作资格。